โรงเรียนบัวแก้วเกษร เปิดเรียนครั้งแรกเมื่อวันที่ ๑๗ พฤษภาคม ๒๕๑๔ โดยใช้
โรงเรียนลาดหลุมแก้ว  เป็นอาคารเรียน ต่อมาท่านพระครูรัตนากรพิทักษ์ได้อนุญาตให้ใช้ที่ดินธรณีสงฆ์ของวัดบัวแก้วเกษรใช้เป็นที่ตั้งของโรงเรียน
กรมสามัญศึกษาได้อนุมัติงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ๒๑๖  จำนวน ๑ หลัง
เมื่อวันที่ ๑ สิงหาคม ๒๕๑๔  ระหว่างกำลังก่อสร้างได้ย้ายที่เรียนจากเดิมมา ขอใช้อาคารเรียนของโรงเรียนชุมชนวัดบัวแก้วเกษร(วรพงษ์อนุกูล)

วันที่ ๑๒ มิถุนายน ๒๕๑๕  อาคารเรียนสร้างเสร็จได้ย้ายมาเรียนที่อาคาร ๒๑๖
(อาคาร๑)    ปีต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๒๓  สร้างอาคาร ๒  ปีพ.ศ. ๒๕๓๔ สร้างอาคาร ๓  และ ปี พ.ศ.๒๕๓๘  สร้างหอประชุม 

ต่อมาในปีงบประมาณ ๒๕๔๙ ได้รับงบสนับสนุนจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดปทุมธานี ได้ก่อสร้างอาคารแบบ ๓๑๘ ล เพื่อมาทดแทนอาคาร ๒๑๖ ซึ่งมีสภาพทรุดโทรมมากและได้ดำเนินการรื้อถอนแล้ว 

ในปัจจุบันโรงเรียนบัวแก้วเกษรเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำอำเภอลาดหลุมแก้ว เปิดทำการสอนนักเรียนระดับมัธยมศึกษาปี ๑-๖ แบบสหศึกษา  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต ๔